KPP yang mengadministrasikan wajib pajak khusus, yang meliputi badan dan orang asing, penanaman modal asing, serta perusahaan masuk bursa. Wilayah kerja KPP Khusus meliputi seluruh wilayah Indonesia. Secara lebih rinci, terdapat 9 jenis KPP Khusus yaitu: KPP PMA Satu, KPP PMA Dua, KPP PMA Tiga, KPP PMA Empat, KPP PMA Lima, KPP PMA Enam, KPP Perusahaan Masuk Bursa (PMB), dan KPP Badan dan Orang Asing (Badora).