Protokol (protocol) dalam P3B, yaitu suatu instrumen yang memiliki fungsi antara lain:
- memberikan penjelasan yang lebih rinci atas pengaturan yang ada di dalam batang tubuh P3B Indonesia, misalnya Protokol penjelasan yang terdapat dalam P3B Indonesia dengan India yang ditandatangani pada tanggal 27 Juli 2012 di New Delhi; atau
- mengubah ketentuan yang ada di P3B Indonesia yang telah disepakati sebelumnya, misalnya Protokol perubahan yang terdapat dalam P3B Indonesia dengan Belanda yang ditandatangani pada tanggal 29 Januari 2002 di Jakarta.