Unit Kerja Jabatan Pimpinan Tinggi (JPT) Pratama adalah Sekretariat Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, Direktorat pada Kantor Pusat Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, Kantor Wilayah Khusus Direktorat Jenderal Bea dan Cukai, dan Kantor Pelayanan Utama Bea dan Cukai.